人流经有菌的阴道进行，如器械消毒不严，私人手术室条件差，术后不卫生，将增加细菌感染的机会，引起子宫内膜炎、宫颈炎等。如原来生殖系统有炎症，还可引起炎症扩散，疾病加重。这样的妇女可经常腰痛、腹痛、白带增多。
人流打乱了原有的内分泌状态，干扰了正常妊娠过程，可致内分泌失调而引起月经紊乱。人流是个创伤，可导致子宫收缩不良，造成术后出血不止及贫血。
妊娠时间短，子宫倾屈度过甚，可致人流不全，也可致术后出血不止；如再进行刮宫止血，还可导致子宫壁创面愈合粘连。人流如导致子宫内膜和肌层发生损伤，子宫变薄，日后妊娠，由于胎盘血液循环障碍，胎盘功能不全，胎盘发生粘连，不仅会导致出血性休克，还会引起死胎和新生儿死亡。
此时由于体内激素水平骤降，内分泌功能发生紊乱，迫使迅速生长发育的生殖系统，乳腺等器官停止生长，这对生殖器官、乳腺等器官将造成损伤。这些损伤可使女性在以后发生生殖系统疾病和乳腺疾病。
