1、遗传因素：如果胚胎的染色体数目或结构出现异常，就会导致胚胎发育不良。这是流产最常见的原因，在自然流产原因中占60%-70%，约2-4%的习惯性流产与遗传因素有关。
2、母体疾病：女性患有内分沁失调、子宫发育异常、宫颈不健康、宫颈松弛、子宫肌瘤等妇科疾病都可以引起习惯性流产。另外，患有严重的内科疾病，如肾病、心脏疾病、甲状腺功能低下等问题，也可以出现流产。
3、外界因素：孕妇大量饮酒、吸烟（包括被动吸烟）、接触化学性毒物、严重的噪音和震动、高温环境等都可导致胎盘和胎儿受损，造成流产。
出现习惯性流产时怎么办？
出现习惯性流产的女性，必须及时去医院检查有没有子宫或其它生殖器官疾病、有没有严重的内科疾病，而且丈夫也应一同接受检查，确定双方是否存在染色体异常的问题。
事实上，大多数流产与母亲、父亲没有关系，而是由于胚胎在形成过程中出现染色体不正常所致。这种情形多为偶然性，可能连续3次意外发生在同一个女性身上。双方都健康、也没有染色体异常的夫妻，大多数在习惯性流产后，还是可以生下健康的婴儿。
如果女性本身存在子宫发育异常、宫颈不健康、子宫肌瘤、肾病、心脏疾病、甲状腺功能低下等问题，就应先积极治理这些疾病，痊愈后再考虑怀孕。
出现流产时如何治疗？
大部分的习惯性流产是由于胚胎不健康所致，目前也没有方法可以预防这种原因的流产。卧床、打针、吃药也不能预防流产发生。
通常使用的安胎药、保胎药，实际上就是含孕激素的药物，这些药物只对因为缺乏孕激素引起的流产有效，而对胚胎不健康的情况没有作用。
如果怀孕后确定有宫颈松弛的问题，可以通过手术将宫颈绑紧，以避免出现流产，但这种情况比较少见。
目前最有价值的检查是化验染色体，以及检查孕妇有没有磷脂抗体症。如果发现磷脂抗体症，可服阿司匹林及注射低分子量肝素，有报告显示这些药物可以减少磷脂抗体症妇女流产的机会。
