避孕套预防艾滋病的失败率为16.7%，而《英国社会科学医学杂志》则称，失败率高达31%；美国国家卫生研究院等多部门，在2001年联合发表的报告中说：没有科学证据表明，避孕套能够预防大多数性传播疾病，该特别小组检查了乙肝、艾滋病、淋病、衣原体、梅毒、软下疳、性病淋巴肉牙肿、生殖器疱疹和尖锐湿疣等9种性传播病，发现目前广泛使用的避孕套不能防止任何一种性病传播。
大量国际资料表明，目前市场上的避孕套产品，使用的材料主要是天然乳胶，其自然裂缝在5000至70000纳米之间，足以预防直径为5000纳米的人类精子头部，但艾滋病病毒的直径仅为120纳米，人类乳头瘤病毒直径在45～55纳米之间，乙肝病毒中大球形颗粒直径为42纳米。
各种病毒的体积，远小于天然乳胶的自然裂缝，即便是正确使用避孕套，还是有可能感染上性传播疾病。
