常见的并发症有：出血、感染、生殖道损伤、人流不全、人流后宫腔粘连、月经失调、不孕症及人流综合征等。
出血可由各种原因引起：手术中因宫口紧或吸管太小或技术不熟练等，使妊娠产物未能及时清除，尤其在钳夹术中，手术损伤子宫或宫颈，子宫收缩不好，胎囊及绒毛部分残留。合并感染时，术后出血时间可能延长，出血增多。加强术前检查，术中小心谨慎，及时探明出血原因，及时处理，可以减少出血的发生。对于有严重器质性疾病者，最好住院手术，以防万一，在院内有较完善的抢救措施。必要时应查血型和配血。仔细了解以往分娩和流产史也很必要。有过多次刮宫或胎盘粘连，前置胎盘及刮宫产史者，再次手术发生出血的机会增加。宫缩不好时，及时给予宫缩药。对吸刮、钳夹出的组织仔细检查，避免流产不全。
感染的防治不仅在手术中要注意无菌操作，排除术前生殖道感染及注意术后卫生，不要过早恢复性生活也都十分必要。
宫颈裂伤与子宫穿孔是早期人流术最常见的生殖道损伤。有时尽管术者十分小心，由于子宫本身的缺陷，也难免损伤子宫。小的损伤不用特殊处理，大的损伤应及时缝合，个别人还需要开腹缝合、止血。
人流不全的预防主要在术前仔细检查盆腔，手术后认真检查吸出物，特别在钳夹手术中，胎体破碎，应认真清点、对合。将吸出组织与子宫大小和停经月份相比，看是否符合。子宫过度倾斜和弯曲或子宫畸形可能增加人流不全的发生率，可疑子宫畸形者于术前进行B超检查有时很必要。
人流后宫腔粘连多发生于子宫过度吸刮，或有多次宫腔手术的病史，如伴有感染，则增加粘连的机会。一般表现为术后闭经，伴有或不伴有周期性腹痛。遇此情况，轻者可用探针分离粘连，重者需在宫腔镜下分离，然后宫内放置IUD，同时配合雌激素治疗，促进子宫内膜生长，防止再度粘连。减少人工流产的次数，吸刮手术适度及避免感染是防止宫腔粘连的关键。遇有术后闭经情况，应及时去医院检查诊治。
极少数人会发生月经失调和不孕症。这属于内分泌紊乱，与手术的直接关系并不清楚。但大都是暂时性，许多人经治疗可恢复。
部分人在术中出现心跳过缓、面色苍白、出汗、血压下降，称人流综合征。是迷走神经刺激的表现。手术轻柔、肌注阿托品、按压合谷穴位可缓解。
