受孕者一定十分关心：口服避孕药究竟是否影响胎儿发育呢？孕期用药，主要是通过母婴物质交换的重要器官—胎盘影响胎儿。已知性激素对胎儿和新生儿皆有不良影响，有毒性，可致畸、致癌。雄激素和合成孕激素（如甲地孕酮、氯地孕酮）特别是由睾丸酮衍化而来的合成孕激素（炔诺酮），都可引起女胎男性化，表现为外生殖器的异常，像阴蒂肥大、阴唇融合粘连等。雌激素不仅会引起男胎女性化，也会通过刺激肾上腺增加雄激素产量而使女胎男性化。子代先天性心脏病发生率也增加2～3倍。
口服避孕药是否会对遗传和后代产生不良影响，一直是相关人士的研究重点。有人认为口服避孕药会增加染色体畸变率，尤其是染色体断裂率会显著增高。连续服药或停药几个月内受孕者的自然流产率增高，并且这些流产儿的染色体畸变率高。不过也有资料显示，孕前或孕时曾服用过避孕药者与未用药者的畸胎率比较，两组无明显差别。关于口服避孕药对子代的影响，尚有争论。鉴于目前中国广泛采用的短效避孕剂量仅为原始剂量的1／4，一般认为还是相当安全的。
