药物流产的不良反应主要有阴道流血、胃肠道反应、迷走神经兴奋症状、不全流产、乏力、潮红等反应。
阴道流血：
药物流产后阴道出血时间在两周内且出血量不超过平时月经量就是正常的，如果药物流产后出血时间超过两周且出血量大于平时月经量时要尽可能查明出血原因，并考虑行清宫术。
胃肠道反应：
为米非司酮比较常见的不良反应。表现为用药后出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻，并常常伴有轻中度发热。针对这一反应，轻者可留待观察，无需特殊处理。重者应在卧床休息的基础上予以积极的对症处理，如恶心、呕吐重者予以维生素B1、B6肌注或静脉滴注。腹痛显著者给予颠茄或阿托品口服，有发热者施以物理降温。
迷走神经兴奋症状：
个别女性可在用药后数分钟内出现烦躁不安、面色苍白，大汗淋漓、胸闷、心悸、心动过缓等迷走神经兴奋症状。
不全流产：
由米非司酮与米索前列醇配伍终止早孕的成功率可达98%-99%，失败率不足2%。失败的原因主要是不全流产，即有部分胚胎组织滞留在宫腔内，临床表现为流产后仍有不规则下腹痛和持续性流血。
过敏反应：
比较少见，个别特异性体质的女性在服用米非司酮后可过敏反应，多数反应轻微、以散发在四肢及躯干的皮疹为主要表现，偶尔出现以血压下降为主的过敏性休克反应。
乏力。因米非司酮的抗糖皮质激素作用而乏困无力。
